Prinsip utama dari ILP adalah mengintegrasikan berbagai program kesehatan yang sebelumnya berjalan secara terpisah menjadi pelayanan yang komprehensif, promotif, preventif, kuratif, dan rehabilitatif
Secara umum, struktur organisasi Puskesmas pasca-ILP tetap dipimpin oleh Kepala Puskesmas dan memiliki Unit Tata Usaha, namun unit pelaksana diorganisir ke dalam 5 klaster utama:
Fokus pada fungsi manajerial Puskesmas secara keseluruhan, termasuk perencanaan, penggerakan dan pelaksanaan, serta pengawasan, pengendalian, dan penilaian (P1, P2, P3).
Mengintegrasikan layanan kesehatan untuk ibu hamil, bayi, balita, anak usia sekolah, dan remaja.
Menangani layanan kesehatan untuk kelompok usia dewasa dan lansia, termasuk pengelolaan penyakit kronis.
Berfokus pada pencegahan, kewaspadaan dini, respon wabah, serta pengawasan kualitas lingkungan.
Menangani layanan atau program yang menyentuh hampir semua siklus hidup, seperti kefarmasian, laboratorium, dan gizi, untuk memastikan dukungan terintegrasi di semua klaster
Penguatan struktur ini dilakukan untuk memudahkan integrasi pelayanan kesehatan primer di fasilitas pelayanan kesehatan tingkat pertama (FKTP), termasuk Puskesmas Pembantu (Pustu) dan Posyandu, yang menjadi bagian dari jejaring layanan Puskesmas.
